Pembaharuan izin harus dilakukan oleh industri obat tradisional paling lama 2 (dua) tahun sejak diundangkan (23 Februari 2012) sesuai dengan Permenkes Nomor 006 tahun 2012. Capaian pembaharuan izin IOT di Propinsi DKI Jakarta hingga Maret 2015 belum optimal yaitu sebesar 36,36%. Untuk itu penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi faktor-faktor yang menjadi kendala dalam implementasi pembaharuan izin IOT di Propinsi DKI Jakarta. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif untuk menggali informasi secara mendalam dari 4 (empat) IOT pada bulan April-Juni 2015. Hasil penelitian menunjukkan tujuan kebijakan telah dipahami oleh pelaksana sehingga memiliki tingkat kepatuhan cukup baik. Kendala yang dihadapi dalam CPOTB terkait sumber daya finansial, karena membutuhkan investasi yang cukup besar untuk pemenuhannya. Penetapan klaster terhadap kemampuan pemenuhan CPOTB bagi IOT yang terdaftar serta pendampingan dalam memenuhi seluruh persyaratan diharapkan dapat menjadi solusi bagi permasalahan pembaharuan izin IOT. Kata kunci : implementasi, industri obat tradisional, pembaharuan izin