Prestasi belajar yang buruk selama masa Sekolah Menengah Atas (SMA) dapatberkontribusi pada kegagalan dalam pembangunan sosial dan ekonomi suatu negaradikemudian hari (Chua dan Mosha, 2015). Meskipun demikian, prestasi belajarsiswa SMA di Indonesia masih memprihatinkan dibandingkan negara-negara lain.Penelitian ini bertujuan untuk mencari faktor dominanan yang menentukan prestasidan faktor-faktor yang memberikan perbedaan bermakna pada prestasi belajardengan desain studi cross sectional pada 130 siswa kelas X dan XI SMA BudiMulia Kota Bogor 2016. Sebanyak 51,5% responden memiliki prestasi kurang(dibawah rata-rata) dan 48,5% lainnya berprestasi baik. Berdasarkan uji regresilogistik ganda, faktor dominan yang menentukan prestasi belajar siswa adalahstimulasi kognitif (P=0,002;OR=17) setelah dikontrol variabel status kebugaran,asupan protein, status gizi (TB/U), durasi tidur, energi sarapan, asupan energi, danmotivasi berprestasi. Faktor lain yang memberikan perbedaan prestasi belajar yangbermakna secara statistik adalah motivasi berprestasi (P=0,001;OR=13), asupanenergi (P=0,017;OR=6), status kebugaran (P=0,045;OR=5), dan asupan protein(P=0,046;OR=5). Konfounding prestasi belajar yang tidak memberikan perbedaanprestasi belajar bermakna secara statistik adalah status gizi TB/U (P=0,33;OR=5),durasi tidur (P=0,437;OR=2), dan energi sarapan (P=0,998;OR=2).Kata kunci:prestasi belajar, Sekolah Menengah Atas, stimulasi kognitif, status gizi, asupan zatgizi.