Pondok Pesantren selalu diidentikkan dengan penyakit kulit atau penyakit menular lainnya. Banyaknya masalah-masalah kesehatan yang sering terjadi di Pondok Pesantren Sunan Drajat harus segera diatasi, sebab kesehatan merupakan salah satu indeks pembangunan manusia dan jika masalah tersebut tetap dibiarkan maka akan berdampak buruk tidak hanya bagi pesantren sendiri akan tetapi juga lingkungan sekitar. Tujuan penelitian ini adalah diperolehnya informasi mendalam tentang dimensi kesehatan dalam pengelolaan Pondok Pesantren Sunan Drajat dan peran Pemerintah Daerah dalam menangani masalah-masalah kesehatan di Pondok Pesantren. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan desain studi kasus. Validitas data dilakukan dengan triangulasi sumber dan metode. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dimensi kesehatan belum dikaitkan dalam pengelolaan Pondok Pesantren Sunan Drajat dan Dinas Daerah Kabupaten Lamongan hanya menunggu laporan apabila terjadi masalah di Pondok Pesantren serta tidak ada pengawasan dan pengkoordinasian terpadu yang dilakukan terhadap Pondok Pesantren. Saran yang dapat diberikan berdasarkan hasil penelitian adalah agar Pondok Pesantren memperbaiki manajemen dan fasilitas yang ada sesuai dengan persyaratan kesehatan yang berlaku dan meninjau kembali kebijakan-kebijakan yang telah ditetapkan serta bagi Pemerintah agar menambahkan peraturan terkait kesehatan dalam Pedoman Izin Operasional Pondok Pesantren. Perlu adanya sinkronisasi dan koordinasi terpadu antara Dinas terkait dan Kementerian Agama agar fungsi dari masing-masing instansi terhadap kesehatan Pondok Pesantren dapat berjalan sebagaimana Peraturan yang telah ditetapkan. Kata kunci: Pondok Pesantren, Kesehatan Pesantren, Manajemen Pesantren Islamic Boarding School is always identified with skin diseases or other infectious diseases. The number of health problems that often occur in Sunan Drajat Islamic Boarding School must be addressed immediately, because health is one of the human development index. If the problem is still left, it will be bad for not only Islamic Boarding School itself but also the surrounding environment. The purpose of this study is to obtain in-depth information about the health dimension in the management of Sunan Drajat Islamic Boarding School and the role of the Regional Government in handling health problems in Islamic Boarding School. This research uses qualitative approach with case study design. Data validity is examined by triangulation of informant and method. The results showed that the health dimension has not been linked in the management of Sunan Drajat Islamic Boarding School. Lamongan Regional Office only waits for the report when a problem in Islamic Boarding School occurs and there is no integrated supervision and coordination conducted on Pondok Pesantren. Suggestions that can be given based on the research result are that Islamic Boarding School has to improve the management and existing facilities in accordance with the applicable health requirements and review the policies that have been established. The Government has to add health-related regulations in the Operational License Guidance of Islamic Boarding School. There needs to be synchronization and integrated coordination between the relevant regional office and Ministry of Religious Affairs so that the function of each institution to the health of Islamic Boarding School can be run as a predetermined Regulation. Key words: Islamic Boarding School, Islamic Boarding School Health, Islamic Boarding School Management