Laporan UNICEF pada tahun 2014 menyatakan bahwa Indonesia adalah negara terbesar kedua di dunia dengan praktik buang air besar sembarangan. Puskesmas adalah garis depan dalam menangani masalah ini, salah satu programnya adalah memastikan cakupan sanitasi air bersih dan jamban sehat di wilayahnya. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh informasi terkait pengaruh kepemimpinan dan kegiatan operasional terhadap kinerja UKM terkait cakupan sanitasi air bersih dan jamban sehat dengan menggunakan kriteria Baldrige Excellence Framework. Data yang relevan dari penelitian indeks kualitas pelayanan kesehatan masyarakat yang dilakukan oleh Badan Litbangkes dianalisis lanjut secara deskriptif dan analitik dengan menggunakan Structural Equation Modeling (SEM). Kepemimpinan berhubungan signifikan dengan kegiatan operasional dengan standardized coefficient 0,99 (p-value < 0,05); kegiatan operasional berhubungan tidak signifikan dengan kinerja dengan standardized coefficient 0,09 (p-value > 0,05); kepemimpinan berhubungan tidak langsung secara tidak signifikan dengan kinerja melalui kegiatan operasional dengan standardized coefficient 0,09 (p-value > 0,05). Berbagai faktor dapat menyebabkan hal tersebut namun ketidakcocokan kovarian dari variabel di populasi dan sampel serta kemungkinan peran sektor lain yang lebih besar menjadi dua hal yang menonjol. Kesimpulannya, kinerja UKM puskesmas terkait cakupan sanitasi air bersih dan jamban sehat masih kurang baik, sehingga perlu adanya peningkatan capaian indikator-indikator kepemimpinan dan kegiatan operasional yang harus bekerjasama erat dengan sektor lain.