Masalah keamanan makanan saat ini sudah masalah global, sehingga yang mengambil perhatian utama dalam menetapkan kebijakan kesehatan publik. Dari hasil monitor Indonesia makanan dan obat peraturan Departemen (Badan POM RI) untuk acara wabah (KLB) keracunan makanan di Indonesia pada tahun 2016 menunjukkan bahwa telah terjadi 60 keracunan makanan. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan faktor yang berhubungan dengan kejadian kontaminasi E. coli di rumah makan wilayah Pelabuhan Merak, Banten pada tahun 2019 dilakukan dengan populasi 31 utama. Studi ini adalah cross sectional penelitian ini pada bulan April sampai Mei 2019. Studi ini menggunakan data sekunder dan primer primer dilakukan dengan menggunakan metode kuesioner, pengamatan dan pemeriksaan laboratorium. Hasil pemeriksaan Laboratorium pada sampel makanan yang dilakukan pada 31 rumah makan yang berada di wilayah Pelabuhan Merak Banten, diperoleh hasil rumah makan yang memenuhi syarat yakni sebanyak 45,2 % ( negatif E. coli) dan yang tidak memenuhi syarat adalah sebanyak 54,8% (positif E. coli). Hasil uji statistik untuk karakteristik penjamah makanan diperoleh faktor yang berhubungan dengan kontaminasi E. coli pada makanan antara lain kondisi kuku dan kebersihan tangan penjamah (p value 0,022), kebiasaan mencuci tangan penjamah makanan (p value 0,041). Untuk fasilitas sanitasi, faktor yang berhubungan dengan kontaminasi E. coli antara lain air yang digunakan untuk mencuci peralatan (p value 0,041), air untuk mencuci bahan makanan (p value 0,041), saluran pembuangan limbah/ air bekas cucian (p value 0,049). Serta faktor pengawasan hygiene sanitasi rumah makan (p value 0,021) yang mempengaruhi terhadap kontaminasi E coli pada makanan. Faktor yang paling berhubungan terhadap kontaminasi E. coli pada makanan di Pelabuhan Merak Banten adalah kondisi kuku dan kebersihan tangan penjamah makanan yang memiliki OR 16,404 artinya penjamah makanan yang memiliki kondisi kuku yang panjang dan kotor akan mempunyai odds (risiko) untuk mengkontaminasi makanan sebesar 16 kali lebih tinggi dibandingkan dengan penjamah yang memiliki kuku pendek dan bersih pada rumah makan di wilayah Pelabuhan Merak Banten. Upaya yang perlu dilakukan adalah dengan menjaga kebersihan kuku dan tangan serta menjadikan kebiasaan cuci tangan penjamah makanan menggunakan sabun dan air mengalir. Hal ini bisa dilakukan jika ada fasilitas sanitasi lingkungan yang memadai di sekitar wilayah rumah makan di Pelabuhan