Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui faktor yang paling berhubungan dengan kontaminasi bakteri Escherichia coli pada makanan di kantin fakultas universitas X. Desain studi yang digunakan dalam penelitian ini adalah desain cross sectional. Data yang digunakan dalam penelitian ini ialah data primer dengan mengambil sampel makanan sebanyak 70 sampel dan wawancara langsung dengan pedagang makanan kantin menggunakan kuesioner. Sebanyak 70 sampel makanan dilakukan pemeriksaan laboratorium. Hasil pemeriksaan menunjukkan bahwa sebagian besar sampel makanan terkontaminasi bakteri Escherichia coli (60%). Terdapat hubungan yang signifikan antara kontaminasi bakteri Escherichia coli dengan higiene dan sanitasi peralatan masak (p=0,005) dan lingkungan kantin (p=0,010). Sedangkan faktor higiene dan sanitasi penjamah, sarana kantin dan proses pengolahan makanan tidak memiliki hubungan yang signifikan. Berdasarkan analisis multivariat, terdapat tiga faktor yang paling berpengaruh terhadap kontaminasi bakteri Escherichia coli pada makanan, yaitu faktor higiene dan sanitasi proses pengolahan, peralatan masak dan lingkungan kantin. Maka dari itu, penjamah makanan di kantin fakultas universitasi perlu diberikan pembinaan dan pelatihan terkait praktik hygiene dan sanitasi untuk meminimalisasi kontaminasi bakteri Escherichia coli pada makanan. Kata kunci: Escherichia coli, kontaminasi makanan, kantin