Tesis ini dilatarbelakangi oleh Peraturan Menteri Pertahanan Nomor 16 tahun 2012 yang menghendaki agar setiap komponen pertahanan negara terintegrasi menjadi satu kesatuan pertahanan dalam menghadapi ancaman militer dan nir militer. Dalam menghadapi ancaman nir militer yang sangat kompleks dan multidimensional, termasuk ancaman bidang kesehatan, maka Kementerian Kesehatan RI merupakan unsur utama dan lembaga pemerintah maupun swasta lainnya sebagai unsur pendukung. Ancaman bidang kesehatan ini diantaranya berupa penyakit infeksi menular HIV AIDS yang tak kunjung reda dan potensi tertularnya Ebola. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui proses implementasi Permenhan ke dalam unsur utama dan pendukung dalam pengelolaan kedua jenis penyakit tersebut. Metodologi yang digunakan analitik kualitatif dengan pengambilan data melalui wawancara mendalam. Hasil penelitian mengungkap adanya faktor penghambat baik pada unsur utama maupun pendukung dalam proses implementasi yaitu belum sepenuhnya tersosialisasi kebijakan ini, pembinaan sumber daya dan kewaspadaan dini masing-masing unsur sudah berjalan dengan baik namun masih terfragmentasi. Berdasarkan hasil penelitian dan pembahasan disarankan perlunya Kementerian Pertahanan melakukan peningkatan sosialisasi dan koordinasi kepada para pemangku kepentingan baik lintas program maupun sektor dari tingkat pusat hingga ke wilayah. Kata kunci: Ancaman nir-militer, komponen pertahanan negara, implementasi kebijakan.