Bakteri E.coli dapat berada dalam saluran usus halus manusia, digunakansebagai organisme indeks kontaminasi fecal, sebagai indikator kesehatankontaminasi dari sumber pencemaran makanan.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui faktor yang berhubungandengan adanya bakteri E.coli pada makanan, menggunakan desain cross-sectional, sampel sebanyak 36 sampel warung makan wilayah Margonda Rayadan Kartini Depok Jawa Barat, teknik sampling yang digunakan adalah totalsampling, penentuan Adanya bakteri dengan metode TPC (Total Plate Count)serta variabel independen dengan wawancara dan ceklist.Hasil penelitian faktor yang berhubungan adalah Pengetahuan, TindakanPengolahan, Fasilitas, Kondisi warung makan, dan pendidikan. Setiappeningkatan skor pengetahuan pengolahan sebesar 10 unit akan menurunkanresiko kontaminasi E.coli sebesar 1,5. Setiap peningkatan skor tindakanpengolahan sebesar 10 unit akan menurunkan resiko kontaminasi E.coli sebesar1,506. Setiap peningkatan skor fasilitas sanitasi warung makan sebesar 10 unitakan menurunkan resiko terjadinya kontaminasi E.coli sebesar 1,3. Setiappeningkatan skor kondisi warung makan sanitasi makanan penjamah sebesar 10unit akan menurunkan resiko kontaminasi E.coli sebesar 1,3. Pendidikan SMAsederajat dan lebih tinggi akan menurunkan resiko terjadinya kontaminasi E.colisebesar 5,0 kali dibandingkan dengan pendidikan kurang dari SMP sederajat.Kata Kunci : E.Coli, higiene sanitasi makanan, warung makan.