Dalam rangka memenuhi kebutuhan pengembangan kompetensi dan profesi tenaga kesehatan, pada Tahun 2015 Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Semarang untuk pertama kalinya menyelenggarakan Program Magister Sains Terapan Kesehatan. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan informasi kebutuhan biaya penyelenggaraan pendidikan pada Program Magister Sains Terapan Kesehatan di Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Semarang Tahun 2016 dengan melakukan perhitungan biaya satuan penyelenggaraan pendidikan. Biaya yang dianalisis dalam penelitian ini adalah biaya yang terjadi dalam satu siklus penyelenggaraan pendidikan yang meliputi aktivitas registrasi, perkuliahan, dan kelulusan. Penelitian ini dilakukan di Poltekkes Kemenkes Semarang pada Bulan Januari s.d. Juni 2017 dengan pendekatan deskriptif kuantitatif. Pengumpulan data dilakukan dengan telaah berbagai dokumen dan observasi langsung terhadap seluruh aktivitas penyelenggaraan pendidikan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa biaya langsung penyelenggaraan pendidikan yang meliputi biaya investasi, operasional dan pemeliharaan sebesar Rp.4.370.037.382 atau sekitar 79,07% dari biaya total. Sedangkan biaya tidak langsung yang meliputi biaya dukungan layanan manajemen dan tugas teknis lainnya sebesar Rp.1.156.760.496 atau sekitar 20,93% dari biaya total. Biaya satuan aktual penyelenggaraan pendidikan per mahasiswa per semester sebesar Rp.13.479.995 dengan 20,93% nya merupakan biaya tidak langsung. Sedangkan biaya satuan normatif sebesar Rp.10.179.260 dengan 19,59% nya merupakan biaya tidak langsung. Kata Kunci: analisis biaya pendidikan, biaya satuan, magister sains terapan kesehatan, politeknik kesehatan In order to meet the development requirements of competence and professional health workers, in 2015 Polytechnics of Health Semarang for the first time held a Master of Science in Applied Health Program. This study aimed to obtain information on the cost of providing education requirements Master of Science in Applied Health Program in the Health Polytechnic Semarang 2016 by calculating the unit cost of all activities of education. Costs were analyzed in this study are the costs incurred in providing education cycle which includes the registration activity, lectures and graduation. This research was conducted by the Ministry of Health Polytechnic Semarang from January till June 2017 with the quantitative descriptive approach. Data were collected by the study of various documents and direct observation of the whole activity of education. The results showed that the direct costs of providing education that includes the cost of investment, operation, and maintenance of Rp.4.370.037.382 or approximately 79.07% of the total cost. While indirect costs include the costs of the service support management and other technical tasks for Rp.1.156.760.496 or approximately 20.93% of the total cost. The actual unit cost of providing education per student per semester for Rp.13.479.995 with 20.93% of them are the indirect costs. While the normative unit costs for Rp.10.179.260 with 19.59% of them are the indirect costs. Keywords: analysis of education costs, the cost of the unit, master applied of health science, health polytechnic