Kantor Kesehatan Pelabuhan merupakan penjaga kesehatan di pintu masuknegara. Upaya penyelenggaraan kesehatan di pintu masuk negara harus didukung olehalokasi pembiayaan kesehatan yang cukup, efektif dan efisien. Analisis pembiayaankesehatan dan kinerja ditujukan untuk melihat pembiayaan kesehatan dalam mencapaisasaran kinerja yang ditetapkan. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif denganteknik WM dan telaah dokumen terkait. Dokumen terkait realisasi belanja dianalisismenggunakan tools Health Account dan ditabulasi dengan tabel pivot.Hasil penelitian menunjukkan sasaran strategis dan indikator kinerja yangditetapkan tidak sejalan dengan tugas pokok dan kegiatan yang dilaksanakan. Imbasnya,alokasi pembiayaan kesehatan harus sesuai menu penyusunan perencanaan meskipunperuntukannya terbatas. Penyusunan anggaran memenuhi prinsip penganggaran terpadudan pendekatan kerangka pengeluaran jangka menengah. Meskipun disiasati denganefektif, pemotongan anggaran berdampak pada capaian kinerja. Pengeluaran pelayanankesehatan saat ini sebesar 72,8%-88,7% dengan komposisi fungsi pelayanan pelayananpreventif sebesar 50%-64% dan sisanya fungsi tata kelola dan administrasi kesehatan.Pembentukan modal tetap bruto dalam sistem kesehatan sebesar 11%-27 % dari totalpengeluaran kesehatan. Pelaksanaan UKM cukup baik dalam menggerakkan mesinbirokrasi dan sosial namun terkendala koordinasi pada kegiatan pengawasan OMKABAdan pelabuhan/bandar udara sehat. Ketersediaan SDM belum sesuai standar dandistribusinya tidak merata. Revisi UU kekarantinaan kesehatan yang belum disahkanmembuat penguatan KKP belum berjalan optimal. Pengelolaan sistem informasi berjalandengan baik kecuali website yang kurang diperbaharui. Kesimpulan diperolehpembiayaan kesehatan belum berbasis kinerja untuk mendukung tupoksi. Capaian kinerjabelum optimal bukan hanya disebabkan oleh faktor pembiayaan namun kerjasama lintassektor, dukungan regulasi, SDM dan peran serta masyarakat turut mempengaruhipencapaian. Direkomendasikan melakukan penyesuaian antara sasaran strategis danindikator kinerja dengan tupoksi dan pelaksanaan kegiatan, perbaikan dan penyesuaianmenu perencanaan, mengadakan perjanjian kerjasama kegiatan pengawasan OMKABA,mengusulkan pengadaan dan pemerataan SDM sesuai standar, mendorong percepatanpengesahan RUU Kekarantinaan Kesehatan melalui konsultasi publik, advokasi yanglebih intensif kepada pihak-pihak terkait di bandara/pelabuhan, memperbaharui websitedan memaksimalkan tren media sosial, serta meningkatkan dan memprioritaskan alokasipembiayaan kegiatan langsung dan yang mengungkit indikator kinerja.Kata kunci: Kantor Kesehatan Pelabuhan; pembiayaan kesehatan; health account;indikator kinerja; UKM.