Masih banyak indikator Agenda Pembangunan Millenium (MDGs) 2015 yang belumtercapai secara global dalam hal kesehatan seksual reproduksi sehingga kembali dimasukkandalam poin agenda pembangunan berkelanjutan (SDGs). Komitmen pemerintah Indonesiauntuk mencapai target diwujudkan dengan cara menjamin pelayanan seksual reproduksidalam paket manfaat Jaminan Kesehatan Nasional (JKN). Penelitian ini bertujuan untukmenganalisa implementasi JKN di Kota Depok, Kabupaten Mimika dan KabupatenKepulauan Selayar. Metode penelitian yang digunakan adalah Analisis Kebijakan denganpendekatan kualitatif. Pengumpulan data dilakukan melalui diskusi kelompok terarah,wawancara mendalam dan telaah dokumen. Hasil penelitian menunjukkan bahwapelaksanaan kebijakan di ketiga lokasi belum berjalan optimal dilihat dari variabelkomunikasi, struktur birokrasi, sumber daya, dan disposisi. Kendala Implementasi yang adaberagam di tiap-tiap lokasi penelitian: di Depok yang merupakan wilayah urban justrubanyak ditemukan informasi yang keliru baik dari pelaksana kebijakan maupun yang beredarsecara luas di sosial media, kasus di Selayar menunjukkan bahwa standar peserta penerimabantuan iuran jaminan kesehatan nasional yang ada selama ini belum memasukkan prinsippengarusutamaan gender, sedangkan di Timika napas universal health coverage yangdiusung dalam JKN belum nampak karena masih banyak jenis jaminan kesehatan yang tidaksaling terintegrasi. Kendala impelementasi yang ada perlu segera dibenahi agar dapatmemaksimalkan implementasi kebijakan.Kata Kunci:Analisis Kebijakan Kesehatan, Implementasi JKN, Kesehatan Seksual Reproduksi.