Proses pelayanan dan penerbitan sertifikat vaksinasi internasional di Kantor Kesehatan Pelabuhan (KKP) Kelas I Soekarno-Hatta belum berjalan secara optimal. Hal tersebut ditunjukkan dengan terjadinya penumpukan pasien pada beberapa aktivitas tertentu serta lead time pelayanan yang terlalu bervariasi. Proses pelayanan dan penerbitan vaksinasi internasional dilakukan secara cepat mengingat jumlah kunjungan pasien vaksinasi dapat mencapai 400 kunjungan. Kegiatan tersebut dikerjakan secara monoton dan dilakukan berulang-ulang secara cepat akan berpotensi menimbulkan masalah dan mengancam keselamatan pasien apabila proses pelayanan bermasalah. Penelitian ini dilakukan untuk mendapatkan hasil analisis proses pelayanan dan penerbitan sertifikat vaksinasi internasional di KKP Kelas I Soekarno Hatta dengan pendekatan metode lean six sigma. Jenis penelitian ini adalah operational research, dengan desain penelitian kualitatif dan bantuan statistic dasar. Hasil penelitian digambarkan melalui value stream mapping yang memperlihatkan lead time proses pelayanan dan penerbitan sertifikat vaksinasi internasional selama 14 menit 56 detik dengan aktivitas VA sebesar 6 menit 22 detik (42,63%) dan aktivitas NVA sebesar 8 menit 34 detik (57,37%), proses paling lama terjadi pada langkah anamnesa dan pemeriksaan kesehatan karena menunggu panggilan dokter untuk melakukan anamnesa dan pemeriksaan kesehatan. Waste paling besar adalah waiting waste sebesar 8 menit 23 detik atau 97,85% dari total seluruh waste yang ditemukan. Berdasarkan analisis fishbone diagram ditemukan bahwa akar penyebab masalah paling banyak berasal dari kategori process. Usulan perbaikan yang diberikan berdasarkan penyebab masalah yang ditemukan berupa pembatas antar pasien pada meja anamnesa dan pemeriksaan kesehatan, komunikasi pasien geriatri, pembuatan standarisasi kerja, pembuatan visual management, membuat pelatihan dan motivasi, melakukan penelitian serupa saat peak season, menghitung beban kerja, serta menerapkan 5S.