Makanan merupakan kebutuhan pokok namun dapat menyebabkan penyakit parah bahkan kematian dan sangat berisiko bagi anak-anak yang banyak menghabiskan waktu di sekolah. Sehingga mempersiapkan dan menjual makanan yang aman, penting di lakukan di kantin sekolah. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui hubungan higiene sanitasi dengan kontaminasi bakteri Escherichia coli pada makanan kantin sekolah. Penelitian ini dilakukan dengan desain studi cross sectional pada 73 tempat penjualan makanan di kantin sekolah di Jakarta Timur pada bulan Maret-Juli Tahun 2019. Uji stastisik yang digunakan adalah chi square. Kontaminasi positif bakteri Escherichia coli pada makanan sebesar 30 (41,1%). Terdapat hubungan yang bermakna antara kontaminasi bakteri Escherichia coli dengan jenis makanan dengan nilai p = 0,045 dan OR = 2,642. Disarankan untuk melakukan program Hazard Analysis Critical Control Point (HACCP) pada proses pembuatan makanan untuk mengetahui titik kontaminasi, penyuluhan atau pelatihan higiene sanitasi, serta melengkapi fasilitas sanitasi