Pembiayaan puskesmas yang berasal dari pemerintah (dana publik) harus dipastikan telah digunakan secara efektif, efisien dan transparan dengan menggunakan sistem Public Financial Management. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pemanfaatan dana puskesmas untuk meningkatkan cakupan kunjungan neonatal pertama (KN1) di Puskesmas Kota Bogor. Data dikumpulkan melalui tinjauan dokumen kualitatif dan kuantitatif serta melalui wawancara mendalam semi-terstruktur dengan 12 informan terpilih. Tren realisasi dana untuk KN1 dianalisis secara deskriptif. Data kualitatif dianalisis dalam bentuk matriks dan divalidasi melalui triangulasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa realisasi dana Bantuan Operasional Kesehatan (BOK) dan dana kapitasi puskesmas pada tahun 2016-2018 mengalami peningkatan yang signifikan. Untuk implementasi KN1, tidak ada anggaran khusus yang ditetapkan dalam penyusunan anggaran. Namun dalam pelaksanaan anggaran, dana yang digunakan oleh puskesmas untuk mendukung peningkatan cakupan KN1 terdiri dari pembelian vitamin K, salep mata, klem tali pusat, pelaksanaan kelas ibu hamil, dan lain-lain. Dana yang digunakan berasal dari BOK dan Kapitasi. Pemantauan anggaran dilakukan secara berkala baik oleh internal (puskesmas dan dinas kesehatan) maupun eksternal (inspektorat). Penelitian ini mengidentifikasi bahwa ketepatan waktu penetapan pagu anggaran untuk puskesmas dan integrasi perencanaan antara dinas kesehatan dan puskesmas memainkan peran penting dalam perumusan anggaran. Transaksi tunai merupakan mekanisme paling tepat untuk kegiatan yang melibatkan masyarakat/kader/lintas sektor. Bendahara dengan latar belakang pendidikan keuangan akan meningkatkan kualitas laporan keuangan Puskesmas.