Efektivitas penggunaan kondom dan pelicin secara terpisah saat seks anal terhadap kejadian infeksi sifilis sudah banyak diketahui, namun masih jarang dilakukan penelitian untuk melihat efek gabungan penggunaan kondom dan pelicin dalam menyebabkan Sifilis. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan penggunaan kondom dan pelicin tambahan dengan infeksi sifilis diantara populasi kunci waria. Penelitian ini menggunakan desain cross-sectional menggunakan data Survei Terpadu Biologis dan Perilaku (STBP) Kementerian Kesehatan RI tahun 2015. Sampel yang dianalisis pada penelitian ini berjumlah 759 setelah memenuhi kriteria inklusi dan eksklusi. Analisis multivariat menggunakan uji cox regresi. Hasil penelitian didapatkan proporsi infeksi sifilis sebesar 18,05%. Analisis multivariat menunjukkan penggunaan kondom dan pelicin tambahan berasosiasi dengan kejadian infeksi sifilis (PR=1,76 95%CI=0,83-3,76), waria yang tidak menggunakan kondom dan tidak menggunakan pelicin tambahan berisiko 1,76 kali untuk mengalami sifilis. Perlu terus dikampanyekan pentingnya penggunaan kondom dan pelicin tambahan berbahan dasar air saat seks anal kepada waria dan pelanggannya untuk menurunkan kejadian infeksi sifilis.