Prevalensi stunting balita di Indonesia tahun 2013 sebesar 37,2% mengalami peningkatan dari tahun 2010 sebesar 35,6% sehingga masih menjadi masalah kesehatan masyarakat. Faktor kondisi rumah dan sanitasi yang tidak layak dan penyakit infeksi berpotensi menjadi determinan stunting. Tujuan penelitian untuk mengetahui kondisi rumah, sanitasi dan penyakit infeksi terhadap risiko stunting balita 6-59 bulan di Indonesia berdasarkan data IFLS5 yang dilakukan pada tahun 2014-2015. IFLS5 menggunakan desain survey tetapi dalam penelitian ini menggunakan desain case control untuk kepentingan analisis dengan catatan bahwa aspek temporal dari varibel-variabel independen tidak selalu mencerminkan waktu kritis keterpajanan. Jenis dinding, kebersihan rumah, sumber air minum, pengolahan air minum, sumber air bersih, tempat buang air besar, sarana pembuangan air limbah, pembuangan sampah berhubungan dengan risiko stunting. Pengolahan air minum merupakan faktor dominan risiko stunting (OR=1,6). Pada kondisi rumah terdapat hubungan antara jenis dinding dan kebersihan rumah, pada sanitasi terdapat hubungan antara sumber air minum, pengolahan air minum, sumber air bersih, sarana buang air besar, sarana pembuangan air limbah, dan sarana pembuangan sampah dengan risiko stunting. Untuk menurunkan faktor risiko stunting balita 6-59 bulan di Indonesia dengan cara pengolahan air minum melalui pemanasan sampai mendidih 3-4 menit disamping intervensi gizi sensitif dan gizi spesifik lainnya.