Pencapaian angka API tahun 2010 secara Nasional sudah memenuhi target (2 per 1000 penduduk). Pada data di atas menunjukkan bahwa Propinsi Papua dengan API tertinggi, yaitu 18,03 dan masih jauh dari yang ditargetkan,hal ini menunjukkan bahwa kasus malaria di Papua masih cukup tinggi dan memerlukan penanganan yang serius, dan propinsi dengan API terendah adalah propinsi DKI Jakarta, DI Yogyakarta dan Bali, sedangkan di Kabupaten Kepulauan Yapen menunjukkan bahwa angka kasus malaria cukup tinggi, dengan angka API 233,1 per 1000 dan sudah melewati target yang ditetapkan. Saat ini program malaria masih mendapatkan bantuan pendanaan dari Global Fund, sehingga masih memiliki keterkaitan. Keterkaitan kritis pada ke dua komponen tersebut, apabila tidak diatisipasi oleh pemerintah dari awal, salah satunya dengan menyiapkan anggaran yang telah dibiayai oleh GF ke dalam kegiatan rutin, maka akan terjadi penurunan cakupan kembali, sehingga dampaknya akan dirasakan oleh mayarakat Papua pada umumnya dan Kabupaten Kepulauan Yapen pada khususnya, apabila program perbantuan ini dihentikan. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui Keterkaitan Kritis antara Komponen Sistem Kesehatan dengan Global Fund untuk Program Malaria di Kabupaten Kepulauan Yapen Propinsi Papua. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif dengan wawancara mendalam dan studi literatur yang berhubungan dengan Sistem Kesehatan dan Global Fund dengan pengumpulan data melalui informan terkait dengan cara wawancara mendalam. Penelitian ini menyimpulkan bahwa sehubungan dengan keterkaitan kritis antara Komponen Sistem Kesehatan dengan Globan Fund untuk Program Malaria di Kabupaten Kepulauan Yapen Propinsi Papua, berdasarkan fungsi dalam komponen tersebut, maka yang memiliki keterkaitan kritis adalah pada komponen Perencanaan, Pembiayaan serta Monitoring dan Evaluasi sedangkan yang tidak memiliki keterkaitan pada komponen Penatalayanan dan Pemerintah, Pelayanan, Peningkatan Akses Pelayanan. Berbeda pada Kabupaten Kepulauan Yapen, untuk komponen monitoring dan evaluasi tidak memiliki keterkaitan kritis.

The national achievement rate of API in 2010 has met the target (2 per 1000 population). It indicates that Papua Province with the highest API, which is 18.03 is left far from the target, that suggests that cases of malaria in Papua is quite high and require a serious action. Provinces with the lowest API are Jakarta, DI Yogyakarta and Bali, while in the Islands District Yapen showed that the number of malaria cases is quite high, with an API rate 233.1 per 1000 and had passed the target set. Currently malaria program got financing from the Global Fund , and it shows the relevance. The critical interaction between the two-components, if doesn't well handled by the government from the beginning, by preparing a routine budget financed by the Global Fund, there will be a reduction in program coverage, and will impact to the whole society particularly in Papuan Islands District Yapen if the program is being stopped. The purpose of this study is to determine the critical interaction between the Critical Component of Health System and the Global Fund for Malaria Program in Yapen Islands District of Papua. The method used in this research is qualitative method with in-depth interviews and literature studies related to Health System and the Global Fund by collecting data through informants related to the manner in-depth interviews, to reveal the Critical interactionbetween Component of Health System and the Global Fund for Malaria Programme Yapen Islands District of Papua. This study concluded that according to the critical interaction between the Health System Component and the Global Fund for Malaria Program in the District of Yapen Islands Papua, in the relevance to the function of those components, the critical interactions are in the planning functions, finance function, monitoring and Evaluation function. In the other hand, the stewardship and the government, service delivery and the increase of service access did not show the relevances. Contrary to the districs of Yapen Island Papua, monitoring and evaluation component did not show critical interactions.