Abstrak: Malaria masih menjadi ancaman kesehatan bagi setengah populasi dunia termasuk di Indonesia dimana pada tahun 2020 jumlah kasus malaria mencapai 226.364 kasus dan 96% kasus tersebut berasal dari Provinsi Papua. Kabupaten Jayapura sendiri menduduki peringkat ke empat penyumbang kasus malaria terbanyak di Provinsi Papua pada tahun 2016 sebanyak 29.044 kasus Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi pelaksanaan program eliminasi malaria di Kabupaten Jayapura pada tahun 2021. Ditemukan bahwa pelaksanaan program eliminasi malaria tidak berhasil mencapai target pada tahap Intensifikasi pengendalian yang telah ditetapkan didalam Pedoman Pengendalian Malaria Menuju Eliminasi Tahun 2030 di Kabupaten Jayapura yang tertuang dalam Peraturan Bupati Jayapura nomor 44 Tahun 2017 Dapat disimpulkan bahwa pelaksanaan program eliminasi malaria di Kabupaten Jayapura telah dilaksanakan namun belum optimal. Disarankan agar pemerintah daerah Kabupaten Jayapura dapat menjadikan program eliminasi malaria sebagai prioritas anggaran dalam APBD Kabupaten Jayapura. Selain itu kerjasama lintas sektor yang tergabung dalam Malaria Center perlu digiatkan kembali dan merumuskan Rencana Aksi Daerah (RAD) serta bermitra dengan global fund, Unicef, LSM, TNI, Polri, Organisasi profesi dan tokoh masyarakat