Tantangan pengawasan obat dan makanan yang ada mengharuskan Unit Pelaksana Teknis (UPT) BPOM bekerja secara optimal ditengah keterbatasan sumber daya. Analisis efisiensi relatif pada Unit Pelaksana Teknis BPOM tahun 2019 dilakukan bertujuan untuk perbaikan dalam perencanaan, penganggaran, dan kebijakan strategis BPOM dalam upaya peningkatan capaian kinerja pada masing-masing UPT. Perhitungan efisiensi relatif menggunakan metode DEA (Data envelopment Analysis). Penelitian ini menggunakan mixed method dengan desain penelitian cross sectional. Sampel penelitian adalah 31 UPT BPOM yang memenuhi syarat sebagai DMU (Desicion Making Unit), dan 10 informan untuk pendalaman proses yang luput dalam analisis dengan metode DEA. Dilakukan terlebih dahulu analisis sensitivitas untuk mengetahui variabel input dan output yang dapat masuk kedalam penelitian. Hasil dari analisis sensitivitas, terdapat 3 input dan 4 output yang dapat dianalisis dengan metode DEA. Hasil dari analisis dengan DEA terdapat 15 UPT yang efisien dan 16 UPT yang tidak efisien. Hasil pendalaman proses diketahui bahwa UPT yang efisien dan yang tidak efisien telah melaksanakan strategi efisiensi dengan baik seperti penghematan perjalanan dinas dengan cara pembayaran sesuai biaya perjalanan, melibatkan SDM bidang lain bila terdapat beban kerja yang tinggi di salah satu bidang, kebijakan pemberian uang lembur hanya di bidang pengujian dan adminstrasi, optimalisasi anggaran dengan revisi. Dalam kaitannya dengan lintas sektor, UPT yang efisien melaksanakan cara untuk melibatkan instansi yang lebih tinggi agar terjadi awareness dari lintas sektor terkait. Pada program prioritas desa dan pasar aman UPT yang tidak efisien melaksanakan penyederhanaan proses dan visitasi secara berkala. DEA merupakan metode analisis efisiensi relatif dengan konsep memaksimalkan rasio output dan input. Adanya model VRS (Variabel return to Scale) yang telah mempertimbangkan proses yang diharapkan mengeliminasi kekurangan yang terdapat dalam perhitungan dengan metode DEA, namun karena perhitungan yang dilakukan secara mekanik maka diperlukan pendalaman proses untuk menggali hal yang tidak didapatkan dari perhitungan, terlebih untuk organisasi yang dalam prosesnya melibatkan faktor eksternal yang cukup besar.