Erupsi Gunung Merapi pada tahun 2010 telah mengakibatkan jatuhnya korban jiwa baik meninggal, luka-luka maupun pengungsi serta kerusakan infrastruktur di wilayah Provinsi DI Yogyakarta dan Jawa Tengah. Penanganan pada masa tanggap darurat bidang kesehatan melibatkan berbagai pihak dari tingkat pusat dan daerah. Tesis ini membahas mengenai koordinasi pada bidang kesehatan yang dilakukan oleh Kementerian Kesehatan dan Dinas Kesehatan Provinsi DIY pada masa tanggap darurat. Desain studi menggunakan metode kualitatif eksploratif dengan melakukan telaah dokumen dan wawancara mendalam kepada pihak yang terlibat langsung dalam peristiwa tersebut. Hasil yang diperoleh menjadi bahan evaluasi bagi pemerintah, khususnya di bidang kesehatan dalam melakukan koordinasi pada masa tanggap darurat akibat bencana dengan memperjelas alur tugas, pendelegasian wewenang, alur informasi yang penting dalam pengambilan sebuah keputusan yang cepat dan tepat sesuai kebutuhan terhadap penanganan permasalahan akibat bencana.

 Eruption in 2010 has resulted in loos of life like dead, injured and displaced person as well as damaged to infrastructure in both DI Yogyakarta and Jawa Tengah Provinces. Respons in health sector has involved multi parties from central and local levels. This thesis described the coordination of the sector conducted by Ministry of Health and Provincial Health Office DI Yogyakarta on emergency respons due to Mount Merapi Eruption 2010. Study design using qualitative methods with document review and in-depth interviews to official person who directly involved in disaster mentioned. The results obtained to evaluate government action, particularly in the area of health in coordinating emergency respons during disaster, to clarify the task flow, delegation of authority and the flow of information are important in making a rapid dan approriate decision as needed for handling the health problems caused by disaster.